For at sikre vandmiljøet er der indført regler for, hvor meget du må gødske i forhold  til, hvor mange næringsstoffer de dyrkede afgrøder optager. Gødningsregnskabet er din opgørelse over hvor meget gødning, du har brugt.

Du kan være med i registret, hvis din virksomhed:
• Har en momsregistreret omsætning på over 20.000 kr.
inden for planteavl, husdyravl, skovbrug eller kombinationer heraf

Du skal være med i registret, hvis din virksomhed:
• Har en momspligtig omsætning på over 50.000 kr. inden for planteavl,
husdyravl, skovbrug eller kombinationer heraf, og
• Har over 10 dyreenheder (DE), eller
• Har en husdyrtæthed over 1,0 DE/ha, eller
• Modtager mere end 25 tons husdyrgødning eller anden organisk gødning
 inden for en planperiode.

Når du er med i Register for Gødningsregnskab, kan du købe handelsgødning uden afgift.

Når din virksomhed er tilmeldt registret, skal du hvert år lave et gødningsregnskab, der viser hvor meget gødning du har brugt i forhold til din kvote. 
 
Herudover skal der laves en plan for, hvordan din gødning anvendes (se evt. punktet Mark- og gødningsplan), og af regnskabet skal det yderligere fremgå, om du overholder reglerne om plantedække, efterafgrøder og harmoni.

En planperiode følger høståret og løber fra 1. august til 31. juli det følgende år. Fristen for indsendelse af gødningsregnskabet variere lidt fra år til år, men er i år 2011 den 31. marts.